اما آنچه بیش از این آلودگی این پهناب را تهدید می‌کند و طی سال‌های اخیر کمتر مورد توجه مسئولان قرار گرفته، تخریب فیزیکی وتخریب زیستگاه‌های آن است.
دراین میان گفته میشود امارات با اجرای طرح نخیلات (ساخت مجتمع تفریحی) باب جدیدی درتخریب‌ها گشوده است؛ به‌ویژه آنکه این ساخت وسازها با وجود همه هشدارهای کارشناسان محیط زیست بر فراز تپه‌های مرجانی وبه قیمت خشکاندن این تپه‌ها آغازشد. پس ازشروع این طرح بود که دیگر شیخ نشین‌ها نیز برای آنکه ازقافله جا نمانند دست به ساخت وسازهای مشابه زدند.
محمدرضا شیخ الاسلام، کارشناس محیط زیست، در این باره به همشهری گفت: وقتی صحبت ازآلودگی وعوامل تهدید‌کننده خلیج فارس میشود معمولا آلودگی‌های نفتی را نشانه می‌روند، در حالی که بررسی‌های بین‌المللی نشان می‌دهد تخریب‌های فیزیکی و تخریب زیستگاه‌ها بیش ازسایر عوامل به محیط آبی خلیج فارس آسیب رسانده وباعث کاهش کیفیت آن شده است.
وی ازساخت وسازهای ساحلی به‌عنوان بزرگ‌ترین معضل زیست محیطی دریاها به‌خصوص خلیج فارس یاد کرد و افزود: مناطق ساحلی همان اندازه برای دریا اهمیت دارد که جنگل‌ها برای زمین اما بی‌توجهی به این موضوع باعث میشود که هرروز بر تعداد ساخت وسازها ی ساحلی افزوده شود. به‌گفته این پژوهشگر، توسعه شهرها ودرپی آن سرازیر شدن فاضلاب‌های خانگی و شهری، پساب‌های صنعتی و زه آب‌های کشاورزی به آلودگی ها دامن زده است.
